公司发工资却未申报个税，会给员工带来潜在法律风险，具体如下：
1、影响社保、公积金权益。若公司发工资未申报个税，社保、公积金缴费基数可能按低标准计算或未正常缴纳。例如，员工小王所在公司一直未申报个税，社保部门核查时发现其社保缴费基数远低于实际工资，导致养老保险账户累计金额减少，退休后养老金待遇受影响。
2、影响信用记录和未来税务处理。公司未申报个税可能使员工在税务系统留下不良记录。比如，员工小李换工作时，新公司背景调查发现其有未申报个税记录，虽责任在原公司，但对小李入职产生负面影响，也给其未来处理个人税务事务带来不便。
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公司发工资未申报个税属于违法行为。根据相关法律，公司作为支付所得的单位，是个人所得税的扣缴义务人，负有申报个税的法定义务。
若公司已发放工资但未申报个税，该行为违反《中华人民共和国个人所得税法》中扣缴义务人申报义务的规定，员工有权向税务机关举报。
若公司未申报且未代扣代缴税款，税务机关会责令限期改正，并处以罚款，员工还可能需自行申报补缴税款，增加时间和精力成本。
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处理公司发工资未申报个税问题时，存在特殊情况或例外情形，会影响处理结果：
1、公司已申报但员工不知情。员工误以为公司未申报，实际公司已履行申报义务。此时员工向税务机关举报后，经核查确认公司已申报，举报终止。员工需与公司沟通获取申报信息以消除误解，而非继续追究未申报责任。
2、员工与公司有其他经济纠纷。若员工与公司存在借款、赔偿等纠纷，公司可能以此拖延或拒绝处理未申报个税问题，甚至声称是双方协商结果。这会使问题处理复杂化，税务机关需先厘清经济纠纷，再处理个税申报问题，延长解决时间。
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公司发工资未申报个税是否违法，可依据《中华人民共和国个人所得税法》分析。
《中华人民共和国个人所得税法》（2018年修正）第九条明确规定：“个人所得税以所得人为纳税人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。”公司作为支付工资所得的单位，是法定扣缴义务人，发工资时必须依法申报个税，未申报行为直接违反该法律规定，因此公司发工资未申报个税违法。

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